《美國X檔案》說的是仇恨與放下仇恨的故事。德瑞克原本是對弱勢族群有同情心的人，但消防員父親在餐桌聊天時反駁了這個看法，父親認為弱勢族群是社會的寄生蟲，憑什麼弱勢族群可以用比較低的分數錄取消防員資格，而排擠其他高分競爭者的錄取機會。父親也駁斥貧窮與不良環境會剝奪弱勢族群的資源這個說法，不相信是外在問題導致他們的表現比較差。
父親在值勤中被黑人殺害之後，德瑞克突然認同父親生前對弱勢族群的不滿，加入新納粹幫派並成為最激進的成員，新納粹指的是信仰白人至上的種族主義團體。德瑞克在住家外槍殺了兩名黑人，並為自己的報復行為感到非常驕傲。德瑞克坐牢之後，弟弟丹尼有樣學樣，也剃光頭髮加入新納粹幫派。
德瑞克坐牢三年假釋出獄後變了一個人，他又回復到以前那個對弱勢族群有同情心的德瑞克，而不是對非白人族群深惡痛絕的新納粹主義份子。德瑞克要求丹尼離開新納粹幫派，他還想要帶全家遠離這個充滿種族仇恨的是非之地。
但是弟弟丹尼有自己的想法，他還是厭惡著非白人族群，他還記得父親是如何被黑人殺死，也記得哥哥洋洋得意地殺掉兩名黑人。但是德瑞克鐵了心要丹尼離開幫派，不惜為此痛毆幫派老大，警告他不要靠近家人，也不要再洗腦利用無知的年輕人來執行他自己的仇恨。
德瑞克告訴丹尼獄中發生的事情。監獄裡大部分的獄友都是黑人，像他這樣的白人是監獄中的少數族群。德瑞克找到幾位新納粹幫派的白人獄友，加入他們的小團體。因為德瑞克犯下的是殺人重罪，白人獄友出於敬重決定收買其他獄友來罩著德瑞克。
然而德瑞克骨子裡仍信仰種族主義，不恥白人獄友收買非白人獄友的行為，決定和小團體劃清界線。然而他的舉動惹惱了小團體，他們決定給他顏色瞧瞧，他們用強暴的方式羞辱德瑞克，讓他知道誰才是監獄裡的老大。
在醫務室裡，德瑞克看見來探望他的高中老師史威尼，脆弱地痛哭起來。老師在勸告德瑞克放下仇恨的過程中告訴他，身為一個黑人，他也曾經因為發生在他自己以及族人身上的痛苦事件責怪所有人。但他沒有得到任何答案，因為他問錯了問題，正確的問題應該是：
「你有曾經做過什麼事情來讓你的生活變好嗎？」
德瑞克發現自己什麼也沒做，他只是沉浸在仇恨裡，以復仇為名不斷傷害其他無辜的非白人族群。
白人小團體以為屈辱能讓德瑞克屈服，然而德瑞克並沒有回歸小團體。平時和德瑞克一起工作的黑人獄友拉蒙為此發怒，他認為德瑞克不識好歹，小團體願意罩著德瑞克是他能平安在監獄裡生活的原因，然而他卻不願意回歸這樣的庇護。拉蒙直接了當地告訴他，要是以後再也沒有人罩他，不只是白人，其他黑人也會讓德瑞克過悲慘的生活。
從那天之後，德瑞克每天都過著憂慮的生活，擔心被獄友圍毆或強暴，直到他平安出獄的那一天。在德瑞克和拉蒙告別時，他突然明白自己之所以能夠平安出獄，是因為眼前這位黑人獄友默默在私底下罩著他。丹尼聽了德瑞克的監獄生活，也決定放下仇恨，和哥哥展開新生活。然而仇恨會循環，丹尼終究還是逃不過仇恨的輪迴，在學校裡被他曾經羞辱的黑人同學槍殺。
